太炎先生虽先前也以革命家现身，后来却退居于宁静的学者，用自己所手造的和别人所帮造的墙，和时代隔绝了。……我以为先生的业绩，留在革命史上的，实在比在学术史上的还要大。
鲁迅《关于太炎先生二三事》
作为与清政府殊死斗争的革命家，章太炎在同盟会中的地位和影响实际上仅次于孙中山和黄兴。当时，同盟会中有影响的领导人还有宋教仁和胡汉民等。
共事时间一长，出现了思想分歧，其他矛盾纠葛也接踵而来。
1906年3月，日本执政的西园寺公望内阁接受了清朝政府的请求，决定驱逐孙中山出境，并命令日本中央大学、早稻田大学开除与革命党有关系的39名中国留日学生。
同年6月，孙中山决定与胡汉民、汪精卫等人离开日本到安南去策动起义。离日前，日本政府设宴饯行，并赠款5000元；一个名叫铃木久五郎的日本股票商人也赠款10000元。孙中山离开日本时，把大部分赠款带走，充作军费，只留下2000元作为《民报》经费。对于孙中山接受日本人赠款，不与大家商议，章太炎、张继、宋教仁、谭人凤、白逾桓等人都很不以为然；现在又见孙中山将款携走，这些人更不满意了。
尤其是章太炎。有一天，他居然气冲冲地把民报社墙壁上悬挂的孙中山像取下来，大笔一挥，在上面写了“出卖民报之孙文”几个大字。写完，仍觉不解气，便把带有批语的照片寄往香港，进行羞辱。
1908年10月，《民报》被封禁。
为《民报》复刊而与日本政府英勇斗争的章太炎，当时曾有一个想法，将《民报》迁往美国或其他地方继续出版，但是，这需要一笔相当可观的经费。而此时，报社经费十分困难，章太炎气累交加，不久便卧病在床，无法筹款济急。他只好给孙中山去信，希望能解燃眉之急。而孙中山此时正忙于战事，无暇顾及。于是，章太炎又“邮书五、六次，电报三、四度”，请孙中山协助解决，但未得答复。章太炎等东京成员均认为孙中山是故意在这样做。于是，又派陶成章亲自出马去催要。
陶成章，字焕卿，自称会稽先生，浙江绍兴人，是个文武全才。他曾是光复会的骨干，后来加入同盟会，一度对同盟会的活动很热心。
这次，他担负重任去催款，昼夜兼程赶赴南洋。踏上新加坡的国土后，他就听人说孙中山近来在云南河口起义又失败了，正在安置河口之役败退越南并辗转送到新加坡的数百名革命军将士，忙得焦头烂额。但陶成章顾不得这些，他似乎有更紧急的事。一见到孙中山，他就要求孙接济3000元，供《民报》之急；同时又希望孙中山“为他筹款五万元，回浙办事。”孙中山虽四方张罗，仍无法筹措。陶便产生误会，认为孙不肯出力。当时，孙中山在南洋华侨中影响很大，所以陶成章又提出请孙中山开具介绍函，他亲自往各埠筹款。孙中山虽然同意了，但是，陶成章到了各埠，筹款仍然困难重重。本就对孙中山极为不满的陶成章，便怀疑是孙中山在背后做梗。
一无所获的陶成章回到东京，向章太炎等人详细汇报了筹款的情况。章太炎听后大动肝火，认为孙中山“忝为盟长”，对《民报》之事竟“未有半铢之助”。他的言行开始有些不太理智了。
而恰在此时，向来以宽容大度为怀的黄兴却全力支持孙中山，劝章太炎和陶成章以革命为重。但章太炎等人则认为黄兴在袒护孙中山，黄、章关系也转入不谐和。尤其是黄兴，由于刘师培的挑拨离间，曾一度对章产生怀疑。
更为复杂的是，当陶成章筹款失败时，东京街头却出现了《民报》续刊。
原来，汪精卫受孙中山之命从南洋来到东京，完全撇开章太炎而秘密筹备《民报》复刊的事，并自行编辑出版了一期《民报》。而孙中山一方面对章太炎请求援助《民报》极为冷淡，另一方面却又一再出面为新加坡倡办的《中兴日报》筹集资股，确有以《中兴日报》取代《民报》的意向。可见，孙中山主观上已将注意力向南洋转移。
听到这些消息，章太炎怒不可遏。尤其是汪清卫在东京续办的《民报》，对他刺激更大。在陶成章的鼓动下，他撰写了致美洲、南洋等处的公函，径直题名为《伪（民报）检举状》，并且印成传单，派人散发各处，还在东京《日华新报》揭载。
更让孙中山等人接受不了的是，1909年8月，陶成章等人利用同盟会章程有关总理四年改选一次的规定，以川、广、湘、鄂、江、浙、闽七省同志的名义，提出一份《宣布孙文南洋一部之罪状致同盟总会书》，要求免去孙中山的总理职务，并开除出会。陶成章将此书交给黄兴，请求裁夺。
黄兴该怎么办呢？
“伪民报”事件已让黄兴大伤脑筋，现在又出了这等事，还得他来平息。然而，剑拔弩张之际，任何一种不当的行为无疑会火上浇油。他认为章太炎行为鲁莽，是受了陶成章的“谗言”迷惑，真正该负责任的是陶成章。起初还心平气和进行调停的黄兴，见章、陶等人太固执，便决定进行反击。对于章太炎等人交给他的材料，他当然拒绝散发；要求更换总理，他当然更不同意。此时的黄兴又成了反击工作的组织发动者，他向孙中山保证：“至东京事，陶等虽悍，弟当以身力拒之，毋以为忧。”向以宽厚为怀的黄兴，这次则使出了他军事家的天才，多方部署。
在黄兴等人的大力号召下，一股攻章浪潮猛然兴起。
香港《中国日报》连篇累牍发表文章谴责章太炎。
吴稚晖也开始兴风作浪，他在巴黎《新世纪》上连续撰文大肆攻击章太炎和陶成章。
一时间，“满洲鹰犬”、“出卖革命”、“中国革命党之罪人”、“《民报》之罪人”等大帽子，一顶一顶都落在章太炎头上。章太炎昔日革命的经历及主编《民报》之功，在只图一时之快的反击中被全盘否定了。
攻讦双方都用了极为尖锐的刺目伤心的语言，双方均将污水泼得对手满头满身。
同盟会在组织上的分裂无可挽回地出现了。
1910年2月，光复会正式宣告重新成立，总部建在东京，章太炎任会长，陶成章任副会长，权力实际上掌握在陶成章手中。在光复会重新宣告成立的那天，大家心里反倒很平静。陶成章也只淡淡地说了几句：“逸仙难与图事，吾辈主张光复，本在江上，事亦在同盟会先，曷分设光复会？”年轻气盛的陶成章推举章太炎为会长，实在是为了借助章的名声，其实他很有主见。
光复会独立了，孙中山深为不满，便于当月下旬在美国旧金山将新立的同盟分会改为“中华革命党。”
1911年夏，宋教仁、谭人凤又在上海组织了中部同盟会。
在相互攻击中，一个统一的组织一分为三。
内斗渐渐平息下来，人们开始反思，开始评价。这理不清的恩恩怨怨，究竟孰是孰非？还是让我们来看一段吴玉章先生在《辛亥革命》一书中说过的话：
《民报》正遭遇到极大的困难，由于经费不继，章太炎等人几乎有断炊之虞。他派陶成章到南洋去募捐，也无结果，因南洋华侨与兴中会关系较深，而与光复会素少联系。因此，章大骂孙中山先生不支持他办《民报》。其实，孙中山先生这时到处搞武装起义都遭失败，也很困难。章的埋怨徒然暴露了同盟会内部派系之间的裂痕。看到这种情形，我觉得孙中山先生既无过错，而章太炎也可以原谅，于是就极力设法弥补。把从四川留日学生中捐到的钱交与章太炎去维持生活，他很感动地说：“同盟会中只有四川人才是好的，才靠得住。”他这话虽是对四川同盟会的夸奖，并且出自衷心，但却是错误的。章太炎的门户之见过深了，所以到处流露出来。
